Xristianlıq Azərbaycan ərazisinə yeni eranın ilk əsrlərində, hələ İsa Məsihin həvariləri dövründə Qafqaz Albaniyası vasitəsilə nüfuz etmişdir.

70-ci ildə Yerusəlimin (Qüdsün) süqutundan sonra yəhudilərin Qafqaza köçürülməsi güclənir. Gələnlər İsanın göstərdiyi möcüzələrdən danışırlar.
Bu cür təbliğin təsiri altında bölgədə ilk xristian icmaları yaranır. Albaniyada xristianlığın yayılmasında bu dövr həvari (sirofil) dövrü adlanır və həvarilərdən Varfolomey və Faddeyin adları ilə bağlıdır. Həvari Faddeyin şagirdlərindən olan Yelisey Yerusəlimin birinci patriarxı Yəqubun xeyir-duası ilə yeni dini təbliğ edə-edə Aqvan diyarına gəlib çıxmış və Kiş adlı yerdə kilsə tikmişdir. Bu kilsə Ermənistandakı birinci xristian kilsəsindən qabaq tikilmişdir. Sonra Yelisey Çolaya (Dərbəndə) yollanmış, daha sonra isə Samur çayını keçib dinin təbliğini davam etdirmiş, Helmes kəndində bütpərəstlər tərəfindən öldürülərək bir çalaya atılmışdır. Sonralar Alban məliki Vaçaqanın göstərişi ilə Yeliseyin cəsədinin qalıqları Xruq kəndində torpağa tapşırılmış, çalanın üzərində isə kiçik bir məbəd tikilmişdir.

313-cü ildə Roma imperatoru Konstantin xristianlığa etiqad üzərindən qadağanı götürəndə Alban hökmdarı Urnayr xristianlığı dövlət dini elan edir. Bu vaxtdan etibarən Azərbaycanda xristianlığın yayılmasının qrekofil dövrü adlanan yeni dövrü başlanır. Akademik Z.Bünyadov göstərir ki, Urnayr, II Vaçe və III Vaçaqan ölkədə xristianlığı yaymaq üçün mübarizə aparmışlar. IV-V əsrlərdə ruhanilik və kilsə iyerarxiyası təşəkkül tapır. Katolikosun göstərişi ilə feodallar öz ərazilərində kilsə üçün xüsusi yerlər ayırırdılar. Bölgədə kilsələr tikilir, dini kitablar süryani (aysor), arami və yunan dillərindən Alban dilinə tərcümə edilirdi. Sinayda aşkar edilmiş "Alban yazısında və Alban dilində" leksionari dünyada xristianlığın ən qədim kütləvi qiraət kitablarından sayılır.

451-ci ildə Xalkidon kilsə toplantısında Albaniya monofizitliyə üstünlük verir. V-VI əsrlərdə ölkə əpazisində monofizitlərlə diofizitlər arasında mübarizə güclənir. VI əsrin sonu - VII əsrin əvvəllərində Alban kilsəsi diofizitliyi qəbul edir.

Alban katolikosunun iqamətgahı Çoqay şəhərində yerləşirdi. 552-ci ildə iqamətgah Bərdəyə köçürülmüşdür. İslam fütuhatlarından, xüsusilə Alban məlikliyinin süqutundan sonra ölkədə xristianlığın rolu zəifləmiş, kilsələrdə ibadət erməni dilində aparılmış, Alban dili sıxışdırılıb çıxarılmışdır. VIII-IX əsrlərdə Azərbaycan ərazisində müstəqil dövlətlər yarananda Alban kilsəsi yenidən avtokefal kilsə statusunu bərpa etmişdir. X-XI əsrlərdə bölgədə şərq xristianlığı nüfuzunu müəyyən dərəcədə qoruyub saxlaya bilmişdi. Bu durum XVIII əsrə kimi beləcə davam etmişdir. 1836-cı ildə çar hökuməti Sinodun təqdimatı ilə Alban kilsəsini ləğv edir, kilsənin bütün əmlakı Eçmiədzin katolikosluğuna verilir. XX əsrin 80-90-cı illərində Alban kilsəsi bir daha bərpa olunur. 2003-cü ildə Alban-udi xristian icması dövlət qeydiyyatından keçir. Bu, Şəkidəki Kiş kilsəsinin bərpasından sonra olmuşdur. Hazırda Qəbələ rayonunun Nic kəndindəki kilsənin də bərpası davam etdirilir.

Azərbaycanda xristianlıq özünün pravoslavlıq, katoliklik və protestantlıq qolları, habelə müxtəlif sektant icmaları ilə təmsil olunmuşdur.